A instituição iniciou suas atividades em 1990 com dois cursos: tecnologia em construção naval e sistemas navais. Hoje, com sete cursos ao todo, dentre eles o de logística, a Fatec Jahu possui cerca de 1.800 alunos, tendo formado mais de 3.500 ao longo de sua história (dados de 2015). A criação da Fatec Jahu está relacionada com a Hidrovia Tietê-Paraná. A faculdade nasceu dentro de um contexto no qual se buscava a formação de obra especializada para atuar nesta área.